Keskeytysten aikavälin tarkka mittaaminen

Moi,
Olen kehittelemässä sovellusta, jolla pitäisi saada mitattua RuuviTagiin kohdistuvien tönäisyjen aikaväli tarkasti, arviolta 1 mSek tarkkuudella. Tönäisyjä ei tule kuitenkaan kovin tiheään, aikaväli arviolta 500 mSek - 5 Sek.
Yksi vaihtoehto toki on tehdä firmware, jossa kiihdytetään mittaustaajuutta n. 2 kHz:iin ja karsitaan kaikki muu mahdollinen pois pariston keston vuoksi.
Olen kuitenkin ymmärtänyt että kätevämpää saattaisi olla lukea keskeytyksiä mutta onko niiden aikavälin tarkka mittaaminen mahdollista?
Olen pelannut Tagien ja RasPin kanssa jo vuosia ja ohjelmointi taipunee riittävästi, mutta noiden keskeytysten kanssa olen aivan pihalla, voisiko joku auttaa alkuun?
DevKit ja muutama perustagi löytyy.